miRNA測序

一、miRNA測序介紹

  miRNA測序是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發(fā)夾結(jié)構的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控蛋白表達（新發(fā)現(xiàn)miRNA也能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達）。miRNA在物種進化中相當保守，在動物、植物和**等中發(fā)現(xiàn)的miRNA表達均有嚴格的組織特異性和時序性。miRNA在細胞生長和發(fā)育過程中起多種作用，包括調(diào)控發(fā)育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技術以及第二代測序技術。基于第二代測序技術的miRNA測序，可以一次獲得數(shù)百萬條miRNA序列，能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同**狀態(tài)下已知和未知的miRNA及其表達差異，為研究miRNA對細胞進程的作用及其生物學影響提供了有力工具。

二、miRNA測序分析項目

標準分析項目

1) 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控（去接頭污染，去低質(zhì)量reads），數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計；

2) 與參考序列比對；

3) 小RNA與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、piRNA的比對信息；

4) 小RNA與miRBase 中范圍的已知的 miRNA的比對；

5) 按照優(yōu)先級將小RNA進行分類注釋；

6) 預測新的miRNA；

7) 差異miRNA分析；

8) 差異miRNA表達聚類分析；

9) miRNA靶基因預測分析

10) 靶基因功能富集分析

上等分析項目（以下分析選擇分析結(jié)果較好的3~5個）

靶基因蛋白互作網(wǎng)絡分析

miRNA功能協(xié)同網(wǎng)絡分析

miRNA通路協(xié)同網(wǎng)絡分析

miRNA共調(diào)控網(wǎng)絡分析

miRNA活性分析

按照客戶要求對興趣miRNA進行深入分析；

重要miRNA的功能富集分析；

三、樣本要求

RNA樣品總量: ≥3μg

RNA樣品濃度: ≥200 ng/μL

四、項目周期

45個工作日